司马迁是西汉的，之所以被处以宫刑的主要原因，是因为为了李陵辩解将汉武帝触怒，汉武帝认为司马迁为李陵辩护，对于劳师远征战败而归的李广利作出了讽刺，于是下命令就将司马迁打入到了大牢当中，并且处以了宫刑。
当时汉武帝派二师将军李广利带着3万骑兵，向天山一带的匈奴右贤王发起攻击，当时安排李陵作为远征大军的粮草官，李陵心中十分不甘，主动请缨，在相持10多天被困之后李陵最后突围失败，被匈奴俘获，本身只是想诈降，但汉武帝却听说李陵在帮助匈奴残余对付汉军，于是没有问清楚情况之下，将李陵的三族全灭，从此李陵在匈奴滞留，终身没有回归。
当时汉武帝询问司马迁意见，司马迁极为正直，表示当时带去的步兵不满5000，没有任何支援时还杀了很多敌人，李陵不肯马上去死，也是想要将功赎罪，但这番话却被汉武帝认为对于李广利有所诋毁，于是就让杜州对司马迁严刑拷打。
另外一种说法是说司马迁是一位极为正直的官员，曾经表示过，人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛，宁愿死于宫行或腐刑，也不愿意苟且偷生，汉武帝认为司马迁所说的这句话讽刺了自己，于是对司马迁处以宫刑。
有的说法是汉武帝的巫蛊对处以司马迁宫刑也存在一定程度的影响，汉武帝对大部分文物官员使用巫蛊也是属于这一时期当中的。
还有的说法是宫刑本来用钱就可以赎回的，但是司马迁本身并没有很多钱，因为司马迁本来就一身正气，为了能够将实际撰写完成，最终宁愿忍受这样极为残忍的宫刑。
